Quanto aos métodos, conforme Marquis e Huston (2005), uma auditoria pode ser prospectiva, operacional ou retrospectiva.
A auditoria prospectiva, ou auditoria prévia, avalia os procedimentos antes de sua realização. Tem caráter preventivo, procurando detectar situações de alarme para evitar problemas. Tenta identificar a maneira como as atuais intervenções afetarão o desempenho futuro (MOTTA, 2003; MARQUIS; HUSTON, 2005).
É denominada auditoria operacional, ou concorrente, aquela realizada enquanto o cliente recebe o serviço (MARQUIS; HUSTON, 2005). Envolve a obtenção e avaliação de evidências a respeito da eficiência e eficácia das atividades operacionais de uma instituição, em comparação com os objetivos estabelecidos, além de contemplar recomendações para aperfeiçoamento (BOYNTON; JOHNSON; KELL, 2002). Para esses autores, a auditoria operacional algumas vezes é denominada de auditoria de desempenho ou auditoria gerencial.
Por sua vez, a auditoria retrospectiva é realizada após o cliente receber os serviços (MARQUIS; HUSTON, 2005), acompanhando os fatos depois de sucedidos os fenômenos (SÁ, 2000), ou seja, consiste na análise da relação entre os critérios estabelecidos e os dados encontrados na revisão dos registros após a saída do cliente